Zum Vormund hatte Přemysl Ottokar II. vor der Schlacht seinen Neffen Markgraf Otto V. von Brandenburg vorgesehen, der im Spätsommer 1278 dem Ruf der Königinwitwe folgte und mit einem mehrere hundert Mann starken Heer in Böhmen einrückte. Die Regentschaft Ottos entwickelte sich rasch zur Schreckensherrschaft. Die Brandenburger Truppen plünderten das Land. Der Markgraf hatte nach kurzer Zeit den Adel, die Kirche und die Königinwitwe gegen sich. Kunigunde bat zwar bereits im Oktober 1278 Rudolf von Habsburg um Vermittlung, doch die Verhandlungskommission bestätigte Otto als Vormund und Herrscher über Böhmen. Mähren behielt Rudolf für die Dauer von fünf Jahren in seiner Gewalt. Um seine Macht abzusichern, ließ Otto von Brandenburg sein Mündel im Januar 1279 aus Kunigundes Residenz in der Stadt in die Prager Burg bringen. Doch reichte dies nicht: am 4. Februar wurde Wenzel mit seiner Mutter auf die Burg Bezděz überführt. Von diesem Zeitpunkt an war der junge König Geisel des Regenten.
Die Königin wurde offenbar nicht gefangen gehalten. Sie verließ die Burg nach etwa zwei bis drei Monaten in Richtung Troppau, wo ihre Witwengüter lagen. Wenzel blieb in Ottos Gewalt. Im Spätsommer 1279 brachte der Markgraf den König außer Landes: die Reise führte über Zittau und Berlin in die Askanierburg Spandau, wo der Gefangene Ende Dezember eintraf und bis 1282 blieb. Das Bild der Brandenburger Gefangenschaft Wenzels war lange von der zeitgenössischen Schilderung der Königssaaler Chronik geprägt, nach der er hungrig und zerlumpt in Elend gehalten worden sei – ein hagiographisches Element, das so nicht aufrechterhalten werden kann. Tatsächlich blieben Wenzel II. und Otto V. auch später in engem Kontakt, und es scheint, als habe der König gerade in jener Zeit die Grundlagen seiner Bildung erworben. Er sprach später fließend Deutsch und Latein, besaß Kenntnisse der Theologie, des Rechts und der Medizin und verfasste Verse. Lesen und Schreiben lernte er jedoch nicht.
Ins Elend stürzte während der Brandenburger Herrschaft dagegen das Land. In den Jahren 1281–1282 ereignete sich in Böhmen, verursacht durch andauernde Kämpfe und zwei Missernten, eine der schlimmsten Hungersnöte des Mittelalters. Das Land wurde von Söldnern und Räuberbanden heimgesucht und drohte im Chaos zu versinken. Vertreter des Adels, der Geistlichkeit und einiger Städte nahmen Verhandlungen mit Otto auf, um den König wieder ins Land zu holen und die bedrohliche Situation abzuwenden. Diese Verhandlungen weisen auf eine grundlegende Veränderung der staatlichen Ordnung hin. Der Adel trat – in Abwesenheit einer zentralen Macht – erstmals geschlossen als Repräsentant des Landes auf und übernahm Verantwortung für dessen Schicksal. Die ersten Einigungsversuche im Frühjahr 1282 scheiterten an der Höhe des Lösegeldes. Otto brachte seine Geisel nach Prag, verlangte aber statt der ursprünglichen 15.000 zusätzliche 20.000 Pfund Silber. Wenzel wurde erneut fortgeführt und verbrachte ein weiteres Jahr in Dresden am Hof des Markgrafen von Meißen. Erst als die Verhandlungsführer dem Markgrafen einen Teil Nordböhmens als Pfand versprachen, ließ Otto den Gefangenen frei. Am 24. Mai 1283 kehrte Wenzel nach Prag zurück.