Guta war die Tochter des Grafen Rudolf von Habsburg und seiner ersten Frau Gertrud von Hohenberg. Sie wurde nach einer Vereinbarung mit Kunigunde von Halitsch mit sieben Jahren dem gleichaltrigen böhmischen König Wenzel II. versprochen. 1285 wurde sie auf der Burg Eger ihrem Gatten zugeführt, bei dem ihr Vater König Rudolf dem Sohn Ottokars Burg und Stadt Eger zu Reichslehen vermutlich als Hochzeitsgabe übergab. Dabei wohnte man der Wiedereinweihung der 1260 gegründeten und 1270 abgebrannten Franziskanerkirche durch den Regensburger Bischof Heinrich am 26. Januar 1285 bei. Die Hochzeit war von einem großen Treffen europäischen Adels begleitet. Der Hochzeitszug zog dann weiter nach Prag, wo am 7. Februar die Vermählung stattfand.[1] Endgültig in Prag zog die Königin erst zwei Jahre später ein.
Sie nahm, gelenkt durch ihre Familie, Einfluss auf den jungen König und schürte seine Expansionspläne Richtung Schlesien und Polen. Während der neunjährigen Ehe brachte sie zehn Kinder zur Welt, von denen jedoch nur der Sohn Václav und die Töchter Anna, Elisabeth und Margarethe überlebten[2][3]. Beide erstgenannten Töchter wurden später böhmische Königinnen. Am Königshof führte Guta deutsche Sitten ein. Die wichtigste war die Anwesenheit der Ritter. Sie führte damit die Öffnung Prags gegenüber dem Westen fort, die bereits Kunigunde von Schwaben betrieben hatte, und nach und nach wurde die Stadt ein Zentrum mitteleuropäischer hochmittelalterlicher höfischer Kultur.